Die Jakob Thoma-NMS ist seit dem Schuljahr 2011/12 Neue Mittelschule und somit berechtigt, neben einem Hauptschulzeugnis auch ein Zeugnis einer allgemein bildenden höheren Schule (AHS) auszustellen. Der Lehrplan der Neuen Mittelschule entspricht in der 5. und 6. Schulstufe jenem eines Realgymnasiums. Ab der 7. Schulstufe wird in den Fächern Deutsch, Englisch und Mathematik nach grundlegender (=HS-Lehrplan) und vertiefter (= AHS-Lehrplan) Allgemeinbildung benotet. SchülerInnen, welche in diesen Fächern eine Benotung nach vertiefter Allgemeinbildung aufweisen, erhalten das Zeugnis eines Realgymnasiums. Zusätzlich können die SchülerInnen ab der 7. Schulstufe zwischen zwei Wahlpflichtfachbereichen (naturwissenschaftlich-ökologisch und geisteswissenschaftlich-kreativ) wählen. Dies begünstigt die individuelle Förderung unterschiedlichster Begabungen innerhalb eines Klassenverbandes auf der Basis innerer Differenzierung. Team-Teaching und offene Lernformen wie Planarbeit oder Projektarbeit ermöglichen den Schülerinnen und Schülern der Jakob Thoma-NMS Lernen auf hohem Niveau. In den Fächern Deutsch, Englisch und Mathematik unterrichten LehrerInnen der Jakob Thoma-NMS gemeinsam mit KollegInnen aus der HTL Mödling. Individuelle Begabungen und Interessen sowie unterschiedliches Arbeitstempo können somit besser berücksichtigt werden. An der Jakob Thoma-NMS wird bewusst darauf verzichtet, besonders begabte Kinder gesondert und außerhalb des gewohnten Klassenverbandes zu fördern, was zu mehr Chancengerechtigkeit und einer Steigerung der sozialen Kompetenz aller SchülerInnen beiträgt. Somit stehen den SchülerInnen bis zum Alter von 14 Jahren alle Bildungsoptionen offen, da Talente und Begabungen mit 10 Jahren häufig noch nicht ausdifferenziert sind. Das Konzept der Neuen Mittelschule ermöglicht ein besseres Eingehen auf die unterschiedlichen Bedürfnisse aller SchülerInnen und gewährleistet somit die Berücksichtigung der individuellen Leistungsentwicklung.
BildungsexpertInnen gehen davon aus, dass die individuelle Förderung der Potenziale aller SchülerInnen am besten gelingt, wenn möglichst vielfältige Lernangebote innerhalb einer heterogenen, also in ihren Begabungen unterschiedlichen Gruppe bereitgestellt werden. Somit wird gewährleistet, dass alle SchülerInnen gewinnbringend davon profitieren können.
Auf diesen Erkenntnissen baut der sehr moderne Unterricht an der Jakob Thoma-NMS schon seit langem auf, daher verfügt die Schule im pädagogischen und methodisch-didaktischen Bereich über einen großen Erfahrungsschatz. Aus diesem Grund ist die Jakob Thoma-NMS seit vielen Jahren auch Partnerschule der Pädagogischen Hochschule NÖ und bildet regelmäßig Studierende des Lehramts für Neue Mittelschulen sowie angehende SonderpädagogInnen aus. Diese Kooperation wurde erst kürzlich wieder bis zum Jahr 2019 verlängert, was sowohl die pädagogische als auch die fachliche Expertise des gesamten Teams der Schule unterstreicht.
